Haplogrupa E koju, među ostalim, predstavlja mutacija M215, nastala je prije 42.300 godina u Africi. Kod Bošnjaka i okolnih naroda javlja se isključivo preko grane M35 koja je nastala na prostoru sjeveroistočne Afrike. M35 je danas obilno rasprostranjena na području sjevera i sjeveroistoka Afrike od Maroka do Somalije, a ima je i na Bliskom Istoku u Palestini, Libanu i Jordanu. U Evropi je uglavnom poznatija preko svoje dominantne podgrupe V13 koja se pojavila prije nekih 10.900 godina na području Male Azije ili Balkana. Ova podgrupa je znatno prisutna u Grčkoj, Albaniji, Sjevernoj Makedoniji, Kosovu, Crnoj Gori, Srbiji, Bugarskoj, Rumuniji, na Siciliji, Kipru, a među Bošnjacima se sreće u postotku od oko 14%, odnosno oko 10.5% unutar BiH.
Haplogrupa E-M215
Ispod M215, među Bošnjacima je testiran Hajdarević iz BiH; Ribo iz Travnika; Dedović iz Nevesinja; Bijedić iz Trebinja; Lelo sa Sokoca; Osmanagić iz Višegrada; Džukljan iz Pljevalja; Čakić iz Plava.
Haplogrupa E-M215-M35
U okviru M35 su testirani Hrnjić, Mehanović i Seferović iz Bihaća; Ćurt iz Sanskog Mosta; Karabegović iz Tuzle; Viteških iz Sarajeva; Topčibašić iz Trebinja; Bugarić iz Novog Pazara; Pomaci Chitakov i Poyukov iz Satovče u Bugarskoj. Bošnjaci su ispod M35 testirani uglavnom ispod njene dominantne grane Z1919, dok se svega nekoliko uzoraka nalazi ispod manje zastupljene grane Z827.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618
Ispod L618 je testiran Goranac Misimović iz Kukeša u Albaniji. Inače, ova grana je nađena i u skeletnim ostacima iz neolita u pećini Zemunici u Dalmaciji i ostacima iz Lenđelske kulture u Mađarskoj.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13
Grana V13 je nastala prije 10.900 godina, a svi testirani uzorci dijele zajedničkog pretka u zadnjih 4.800 godina, tj. tokom Bronzanog doba. Vrlo je raznovrsna u Evropi gdje je nađena u drevnim skeletima u Španiji. Bila je zastupljena u određenom postotku kod raznih starobalkanskih naroda, tj. Ilira, Tračana, Dačana, itd. Ovu haplogrupu nalazimo danas na svim teritorijama gdje žive Bošnjaci, mada je najzastupljenija na području Sandžaka i Zete gdje čini oko 31.5% svih testiranih uzoraka. Njoj pripadaju testirani Agić, Bašić, Bushnaq (iseljen na Bliski Istok), Dalyanoglu (iseljen za Tursku), Dizdarević, Durić, Hajdarević, Hasanović, Hrustić, Jahić, Jašarević, Liskovača, Lubenović, Lutvić, Maslić, Mehmedović Mešić, Omerović, Ramić, Selimović, Softić, Topčagić, Tričić i Turković iz BiH; Babahmetović, Bataković, Dizdarević, Duratović, Durmić, Ferkić, Mustedanagić i Šabić iz Velike Kladuše; Beganović i Ikanović iz Cazina; Kantarević, Kulenović i Nuhanović iz Bihaća; Čaušević iz Bosanske Dubice; Grgić i Malagić iz Bosanske Gradiške; Gredelj i Miličević iz Prijedora; Borovac, Klipić i Saltaga iz Banja Luke; Melić i Salihefendić iz Jajca; Šabić iz Šipova;, Jakirlić iz Glamoča; Druško iz Kupresa; Bećirbašić iz Travnika; Mujić iz Zavidovića; Liskovica iz Žepča; Mujčin iz Bosanskog Broda; Ćosić iz Gračanice; Kurtalić i Mulahalilović iz Brčkog; Adanalić iz Bijeljine; Zahirović iz Tuzle; Hasanović iz Zvornika; Šahmanović iz Vlasenice; Selimović iz Bratunca; Berković iz Kladnja; Berisalić i Delimustafić iz Olova; Gušić iz Han Pijeska; Ajanović, Cocalić, Čavčić, Makaš, Ramović i Selimbegović iz Rogatice; Hrbinić, Karadža, Mehmedspahić i Sobo iz Foče; Abaz iz Rudog; Parla, Rašidagić i Šušak iz Sarajeva; Dedović i Šabić iz Trnova; Žiko iz Konjica; Šehić iz Livna; Marić i Mujić iz Mostara; Ćatović i Habul iz Gacka; Bojčić iz Stoca; Đapo iz Bileće; Karamehmdeović i Sadović iz Trebinja; Mehović i Selmanović iz Sandžaka/Crne Gore; Kovačević iz Priboja; Čuturić i Kurtović iz Pljevalja; Alomerović, Bećirović, Bukvić, Ćorić, Hadžibulić, Hamzić, Henjaš, Karahodžić, Memišahović, Memović, Musić, Poturak, Preljević, Rožajac, Serdarević, Sinančević, Zaimović i Neimenovani uzorak iz Prijepolja (2x); Batkić, Bešović, Jusufović, Kamberović, Kolašinac i Mehonjić iz Sjenice; Adilović (tur. Atmaca), Drpljanin, Kijamet i Zoranić iz Bijelog Polja; Eginc (iseljen za Tursku), Gorčević, Hodžić, Mumdžić, Sejdović, Seviç (Turska) i Šusterac iz Novog Pazara; Badić, Bajrović, Bektović, Kahrimanović i Mulić iz Tutina; Balota, Dacić i Ganić iz Rožaja; Ahmemulić, Dešić, Đešević, Feratović, Gačević, Gutić, Hadžijić, Hot, Ja(h)dadić, Pjetrović, Purišić, Redžić, Šabović i Šahmanović iz Plava; Bicić, Čekić, Čelić, Mrkulić, Nikočević i Vukelj iz Gusinja; Ahmetović i Frljučkić iz Podgorice; Bračić, Jahović, Mušović i Šabović iz Bara; Goranac Abdijević iz Dragaša na Kosovu; Ademi iz Prizrena (odavno iseljeni u mjesto Donje Remitlje u općini Orahovica), Haliti i Murati iz Prizrena na Kosovu; Torbeš Selmanovski iz Debra u Sjevernoj Makedoniji.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057
Alihodžić iz Visokog i Rušiti iz Dragaša na Kosovu su testirani ispod Z1057 koja je nastala prije 4.800 godina. Ispod ove mutacije se dalje nalaze dvije grane, CTS1273-BY3880 i Y30977/PH1246. Ispod CTS1273 se nalazi Neimenovani Pomak iz Kato Nevrokopa u Grčkoj. Grani BY3880 pripada daleko najveći broj testiranih uzoraka, a ona se dalje dijeli na tri ogranka: FGC44169, Z5017 i Z5018.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-FGC44169
Unutar ove grane se nalazi testirani Pomak Harlov iz Smoljana u Bugarskoj koji je udaljen od svih ostalih testiranih uzoraka barem 4.400 godina (ogranak BY6357).
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5017
Ovoj grani pripada testirani Zukić iz Brčkog. Ispod nje se nalaze dvije podgrane, manjinska Y18556 i većinska CTS9320.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5017-Y18556
Y18556 se dalje dijeli na dva kraka, Z17424 i Z19851. Ove grane s pored Balkana sreću i u nekim zemljama zapadne Evrope Ispod grane Z17424 je usamljen Radič iz Bijelog Polja, dok su ispod grane Z19851: Hadžimahović iz Trebinja, nešto niže Omerović iz Zvornika (A18833), a još niže ispod Y172393 Kerić iz Prijedora (A18844), Munjaković iz Velike Kladuše i Mujić iz Zavidovića (A9739), Čusto iz Blagaja (Y190254). Posljednja četvorica dijele zajedničkog pretka u zadnjih 1.500 godina.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5017-CTS9320
Ovo je najmnogobrojnija grana među testiranim Bošnjacima haplogrupe E1b1b i ispod nje se nalazi pet većih podgrupa: Y20805, Z16988, Z17107, Z17264 i L252.
Y20805 je testirana kod svega dvojice Bošnjaka i to Plehe iz Rogatice (podgrana BY4543-Y273945) i Dedeića iz Tutina (podgrana BY4573-BY148067). Ova grana je bila prisutna među ranosrednjovjekovnim Avarima u Panoniji a na bošnjačka područja je mogla doći u 6. stoljeću s germanskim plemenima (Ostrogoti, Langobardi), 6-8. stoljeću s Avarima, centralnoevropskim krstašima u 11-13 stoljeću, odnosno s muslimanskim stanovništvom protjeranim iz Slavonije i Ugarske nakon 1699. g.
Z16988 je stara 3.200 godina i jedna je od najšire rasprostranjenih grana haplogrupe V13 u Evropi. Kod Bošnjaka je daleko najviše prisutna u Sandžaku gdje je nalazimo i kod pripadnika poznatih plemenskih zajednica koje su se formirale stotinama godina unazad u brdima Crne Gore i albanske Malesije. Direktno ispod Z16988 nalazimo Čindraka iz Bijelog Polja.
Ispod njene podgrane BY34282-BY50887-Z13591 nalaze se sandžački rodovi porijeklom iz plemena Bjelopavlića, Zornići iz Sjenice, G(e)rbe iz Novog Pazara i Ramčilovići iz Petnjice. Oni dijele zajedničkog pretka u zadnjih 650 godina. Nešto udaljeniji od njih je testirani Đono iz Stoca ispod BY34282-FT12534.
U okviru jedne od podgrana Z16988, tačnije Z27131-BY105970 nalazi se nekoliko desetina testiranih sandžačkih rodova porijeklom iz plemena Klimenti koje se formiralo na području Skadarske Malesije u Srednjem vijeku. Svi oni dijele zajedničkog pretka u zadnjih 550 godina, a područje Sandžaka su počeli naseljavati u prvom valu nakon 1660. g., te u puno obimnijem drugom valu nakon 1700. g. Tu spadaju Arifović, Bibić, Burović, Camović, Demirović, Dragolovčanin, Fijuljanin, Gicić, Glogić, Kahrović, Kurtanović (Tuzinje), Ljajić, Mehmedović, Mujezinović, Mulić, Osmanlić, Rešović, Rujević, Zahirović i Zenović iz Sjenice; Belovođanin, Crnišanin, Curić, Čelić, Hazirović, Murselović, Muslić, Nicević i Nurović iz Novog Pazara; Ahmatović, Aljović, Bakić, Balić, Bećković, Bulić, Caković, Čalaković, Hadžić, Hajdinović, Hamidović, Omerović, Pljakić, Pepić (2x), Ramčević, Selmanović iz Tutina; Agović, Hadžić, Halilović, Honsić, Kujević, Kurbardović i Kurtagić iz Rožaja i Hamidović iz Leposavića na Kosovu.
Ispod Z16988 se nalazi i podgrana Z17107, a dalje ispod nje je i FT193934 ispod koje se nalazi nekoliko blisko povezanih rodova s zajedničkim pretkom koji je živio prije ne više od 750 godina: Vilić iz Bileće; Demir iz Kaknja (Bukovlje, Ivnica) i Demirović iz Zavidovića (zadnja tri ispod daljeg kraka FT191739).
Ispod podgrane Z17264 nalaze se Vatreš iz Rogatice i Pintul iz Mostara.
Konačno, ispod podgrane L252 se nalazi Neimenovani Pomak iz Zlatograda u Bugarskoj.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5018
Grana Z5018 je nastala prije 4.400 godina a danas se uglavnom sreće na Balkanu, u Mađarskoj i zapadnom Mediteranu, a djelimično i u Italiji, centralnoj Evropi, itd. Njoj pripadaju testirani rodovi Dolovac i Zećović iz Novog Pazara, Đurbuzović i Bošnjaković iz Podgorice te Goranac Sulejmani iz Dragaša na Kosovu. Prisutna je preko grana S2979 i BY191636. Ispod podgrane S2979 kod Bošnjaka srećemo dva dalja kraka, FGC11457 i Z16659.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5018-S2979-FGC11457
Granu FGC11457 nalazimo diljem Bosne i Sandžaka i pripadaju joj prezimena Bilalović iz Prijedora; Krnjić iz Malog Zvornika; Lepić iz Visokog; Mulaomerović iz Sarajeva; Hadžović iz Višegrada; Ćemo iz Foče; Turković iz Sjenice; Kijamet iz Bijelog Polja; Poturović iz Novog Pazara. Ispod nje dalje srećemo podgranu FGC11450 kod testiranih Hadžimahmutovića iz Zenice i Agovića iz Goražda. Još niže, ispod Y146086 nalazimo Mustafića iz Tutina, a niže od njega ispod BY68094 i Dizdarevića iz Tešnja.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5018-S2979-Z16659
Grana Z16659 je kod Bošnjaka testirana preko njene dvije podgrane, L241 i Y3183. Njoj pripada Sulejmanović iz BiH.
L241 je nastala prije oko 3.700 godina, a najvišu raznovrsnost bilježi na Balkanu kod južnoslavenskih naroda i Albanaca. Kod Bošnjaka je testirana kod Memića iz BiH; Žerića iz Krajine; Baručića iz Banja Luke; Kišije iz Bugojna; Bajrića iz Bugojna; Ligurića iz Brčkog; Ibrišimovića iz Bijeljine; Zonića iz Tuzle; Hamzabegovića iz Zvornika; Čivića iz Istočne Bosne; Komarice s Pala; Konjhodžića iz Ljubuškog; Begovića i Borozana iz Trebinja; Dukića iz Sandžaka/Crne Gore; Metovića i Šaljića iz Sjenice; Dreševića i Tuzovića iz Podgorice. Ispod njene grane BY5617-PH2180 nalazimo nekoliko sandžačkih rodova: Beganović i Mučić iz Bijelog Polja; Mašović i Mavrić iz Novog Pazara; Destanović, Mavrić i Smailović iz Tutina. Ispod njene druge grane Y142744 nalazi se Kahrović iz Prijepolja.
Y3183 je nastala prije 3.700 godina i javlja se širom Evrope kao i na Balkanu. Njoj direktno pripada Alić iz Prijedora. Ispod njene grane S2972, kod Bošnjaka se javljaju dvije podgrane, manje zastupljena A7135 kojoj pripadaju Velić iz Bosanske Krupe i Demir iz Višegrada (obojica Y128213), te većinska Z16661 kojoj preko njene dalje podgrane BY165837 pripada veliki broj sandžačkih rodova porijeklom od plemena Kuča koje se prvi puta pominje 1330. g. u katunu Arbanasa blizu Skadarskog jezera. Svi Kuči imaju zajedničkog pretka u zadnjih 800 godina i porijeklom su iz Meduna u okolini Podgorice odakle su iseljeni prema Nikšiću, Kolašinu, Limu i Sandžaku nakon 1688. g., odnosno nakon Berlinskog sporazuma 1878. g. Tu spadaju prezimena Alomerović, Cama, Đurđević, Podbićanin, Planić i Viličić iz Prijepolja; Duljević, Karišik, Kučević, Rahić, Smajović, Tarić i Toković, iz Sjenice; Adilović (tur. Tekbas), Bandić, Hadžibulić, Ljuca, Redžović i Zećirović iz Bijelog Polja; Mehović i Prentić iz Petnjice; Bačevac, Doljanac, Fehratović, Gusinac Madžgalj i Radonjica iz Novog Pazara; Ajdinović i Ibrahimović iz Leposavića na Kosovu; Ademović, Bihorac, Derdemez, Halilović, Kačapor, Kučević, Mujović i Skarep iz Tutina; Šutković iz Rožaja; Olević i Redžematović iz Plava; Dervišević, Nikočević i Radončić iz Gusinja (2x).
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-BY3880-Z5018- BY191636
Podgrana BY191636 je nastala prije 3.700 godina, a zadnji zajednički predak je živio prije 900 godina. Ispod ove grane, tj. njenog kraka BY189808, nalazi se samo Isaki iz Prizrena na Kosovu. Njemu su relativno genetski bliska dva testirana Albanca.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-L618-V13-Z1057-Y30977
Mutacija Y30977 nastala je prije 4.200 godina i predstavlja manjinsku granu haplogrupe V13, a nalazi se diljem Evrope, kao i na Balkanu gdje joj pripada pleme Vasojevića, kao i neki rodovi iz istočne Bosne, Krajine i Hercegovine. Ovoj grani pripadaju Kavaz iz Bosanskog Petrovca, Muratović iz Lopara i Kanlić iz Goražda. Nešto niže ispod Y126722 nalaze se povezana prezimena porijeklom iz Vasojevića: Neimenovani rod iz Nevesinja, Šabanović, Bogućanin i Tajić iz Sjenice; Đukić iz Berana; Bogućanin (tur. Zilayas) iz Tutina. Vasojevići su inače kao pleme formirani u Lijevoj Rijeci kod Podgorice i prvi puta se pominju 1444. g.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-V22/L677
Podgrupa V22 se najviše sreće u zapadnoj Etiopiji, sjevernom Egiptu i južnom Levantu. Pretpostavlja se da su je u Evropu donijeli Feničani i Jevreji. Njoj pripadaju testirani Bačić iz BiH; Brakić i Muhić iz Prijedora; Jezerak iz Bosanske Gradiške; Sehalić iz Jajca; Rašketić iz Bara.
Haplogrupa E-M215-M35-Z1919-V12
Ispod ove vrlo rijetke grane je testiran Goranac Hodža iz Dragaša na Kosovu.
Haplogrupa E-M215-M35-Z827-M34
Ispod grane M34 Bošnjake nalazimo u dvije dalje podgrane: ispod M84 se nalaze Bešić iz Bosanskog Novog; Pomak Karayumerov iz Satovče u Bugarskoj (dalji ogranak Y129333), a ispod Z841 su pozicionirani Ibrišagić iz Prijedora (L791) i Goranac Islamaj iz Kukeša u Albaniji (Y4971).
