Haplogrupa H koju karakteriše nekoliko mutacija uključjujući L901 nastala je u Južnoj Aziji prije 43.100 godina. Rano se podijelila na dvije glavne podgrupe, H1 i H2.
Haplogrupa H1
U okviru haplogrupe H, među Bošnjacima je prisutna samo grana H1a, poznata i kao M69, koja je primarno zastupljena kod Roma. Oni su porijeklom iz južne Azije, a počeli su s migracijama prema Iranu i Bliskom Istoku u ranom Srednjem vijeku. Računa se da su u Evropu došli početkom 14.. stoljeća. Podgrana ove haplogrupe, M52, nađena je u arheogenetskim istraživanjima u Pakistanu iz Željeznog doba prije nekih 3.000 godina. Njena sestrinska grana, H2 (M96), prisutna je u Evropi još od vremena neolita s širenjem zemljoradnje. Haplogrupa M69 je danas prevashodno zastupljena na području Bangladeša, Indije, Šrilanke i Nepala, a nešto manje u Afganistanu i Pakistanu.
U okviru haplogrupe M69 nalazi se grana M52, a ispod nje ogranak M82 koji je vrlo karakterističan za Rome u Evropi, a posebno za balkanske Rome kod kojih je prisutna od 30-60%. Najveća koncentracija ovog markera se sreće među Romima na Kosovu (59.5%). Udio M82 je inače vrlo nizak među domicilnim narodima na Balkanu uključujući i Bošnjake gdje je taj procenat oko 0.3%. Lingvistički i genetski dokazi ukazuju na gotovo izvjesno porijeklo sa indijskog podkontinenta, odnosno negdje sa područja pokrajine Radžastan. Njihova najveća koncentracija u Evropi je centralna, istočna i južna Evropa, kao i zapadna Azija (uglavnom Turska). Potomci Roma sa Balkana uglavnom pripadaju podgrani PH124 i imaju zajedničkog pretka prije 1.550 godina.
Ispod M69 nalazi se testirani uzorak iz Banja Luke. Dalje ispod nje je podgrana H1a1-M52, a ispod nje H1a1a-M82. Ispod nje se nalazi testirana osoba iz Prijepolja. Još niže, ispod njene grane M2914 nalaze se uzorci iz Bijeljine i Goražda. Još dalje, ispod njene podgrane PH124 nalazi se testirana osoba iz Pljevalja (daljim porijeklom iz Goražda).
Haplogrupa H2
Ova haplogrupa koju definira glavna mutacija P96 je prisutna u zapadnoj Aziji i Evropi od vremena prahistorije. Nađena je u neolitskim lokacijama prije pojave keramike u gornjoj Mesopotamiji i Levantu u periodu od 8.800-6.500 g. p.n.e. Najstariji arheogenetski nalazi iz Evrope također potiču iz vremena neolita i Kulture linearnotrakaste keramike iz vremena 5.500-4.500 godina pne u Centralnoj Evropi , na Iberijskom poluostrvu. Njeno širenje u Evropu se vezuje za širenje poljoprivrede zajedno sa haplogrupom G2a. Jedini testirani bošnjački uzorak ispod ove grane je Spahić iz Banja Luke.
