Haplogrupa J2-M172 se odvojila od bratskog ogranka J1-M267 negdje na području Bliskog Istoka prije više od 30.000 godina. Nakon Zadnjeg ledenog doba i širenja zemljoradnje, došlo je i do migracija pripadnika ove haplogrupe iz područja Plodnog polumjeseca prema Evropi. Arheogenetski nalazi ukazuju na prisustvo ove grane na području današnje Anadolije, Kavkaza i zapadnog Irana, što je potvrđeno nalazom u Iranu datiranom u vrijeme prije oko 10.000 godina. Haplogrupa J2 se veže poljoprivredne zajednice koje su se razvijale na području sjevernog dijela Bliskog istoka i Kavkaza, a njihova rođačka haplogrupa J1 je proizvod razvoja pastoralne aktivnosti na području pustinjskih zona zapadne Azije. Direktno ispod M172 nalaze se Mahmutović iz BiH; Bašagić i Mešić iz Bihaća; Džakić iz Gradačca; Huseinović iz Olova; Nuhbegović iz Livna; Brajević iz Mostara; Kratović iz Prijepolja; Pomak Mahmut; Pomaci Bashov i Orachev iz Satovče u Bugarskoj. M172 se dalje dijeli na dvije glavne grane, M410 (poznata kao J2a) i M102 (J2b).
Haplogrupa J2-M172-M410
Ispod nje se nalazi testirani Banjanović iz Zvornika. Dijeli se na dvije glavne grane, PF4610 (J2a1) i PF5008 (J2a2). Ispod PF4610, testirani Bošnjaci se nalaze ispod njene podgrane L26.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26
L26 se pojavila prije 17.900 godina. Najviše je zastupljena na području Kavkaza, Bliskog istoka i južne Evrope, naročito u Grčkoj i Italiji. Formirana je za vrijeme paleolita u zapadnoj Aziji, odnosno na širem prostoru između Plodnog polumjeseca i Anadolije na zapadu, planinskog vijenca Zagros na istoku i Kavkaza na sjeveru. Do njene ekspanzije tokom neolita dolazi negdje s područja Kavkaza nakon čega su učestvovali u prvobitnom razvoju kulture Majkop u vrijeme Bronzanog doba (3.700-3.000 g. p.n.e.). U 4. mileniju p.n.e. vjerovatno dolazi do prve ekspanzije ove grane duž obale Mediterana i preko Anadolije. Oko 6.600 g. p.n.e. su na zapadnoj obali Anadolije formiranje prve poljoprivredne zajednice, a arheogenetskim istraživanjima je utvrđeno prisustvo sestrinske grane L26. Nakon toga, tragove L26 nalazimo i u nalazištima iz neolita i Bronzanog doba u Evropi u Hrvatskoj, sjevernoj Evropi, Grčkoj i Bugarskoj. Ona je vjerovatno učestvovala u etnogenezi starobalkanskih naroda poput Ilira i Tračana. Moguće je da su neke podgrane L26 dospjele na Balkan i kasnije tokom period antike i Srednjeg vijeka s Rimskim carstvom i Vizantijom.
Ispod L26 su testirani Čehić iz BiH; Šabanagić iz Velike Kladuše; Behremović, Talić i Zukić iz Sanskog Mosta; Nefić iz Breze; Uglješa iz Goražda; Hamzić iz Sandžaka/Crne Gore; Galičić iz Podgorice. Ispod nje su kod Bošnjaka testirane podgrane PF5116 i L24.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-PF5116
Nastala je prije 15.700 godina. Kod Bošnjaka se javlja kod dva sandžačka uzorka, Kapetanovića i Salkovića iz Bijelog Polja (prvi je navodno daljim porijeklom iz Visokog a drugi iz Trebinja). Ispod nje se javljaju podgrane M67 i Z6065.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-PF5116-M67
M67 je nastala prije 13.900 godina. Ispod nje su testirani Hadžiselimović i Osmanović iz BiH; Čičak i Porča iz Zenice; Buljina iz Fojnice; Halilagić iz Tuzle; Balta iz Vareša; Kuštrić iz Gacka. Ispod M67 su prepoznatljive tri veće grane: Z467, M92 i Z7671.
Z467 se javila prije 11.500 godina i ispod nje je testirani Gunić iz Prijedora. Ispod Z467 se nalaze i njene podgrane s dodatnim testiranim uzorcima, Elfić iz Novog Pazara (Y15913), Torbeš Jenijol iz Mavrova i Rostuše u Sjevernoj Makedoniji (Y44916) i Karača iz Livna (L210).
M92 je nastala prije 10.800 godina, a ispod nje se nalaze testirani Fejzić i Pepić iz BiH; Torić iz Velike Kladuše; Agić i Dedić iz Prijedora; Kulaglić iz Hadžića; Hirkić i Suljendić iz Tuzle; Kazazić iz Nevesinja; Medar iz Stoca; Isović iz Bileće; Pašić iz Gacka; Hadžović iz Prijepolja; Bidžević iz Sjenice; Suljević iz Bijelog Polja. U okviru ove grane se nalaze tri podgrane s bošnjačkim uzorcima: FT30294 gdje je Selimanović iz Teslića; PF7412 s Avdovićem iz Tuzle; Z8096 s Pomakom Pazvantovim iz Satovče u Bugarskoj. Ispod Z8096 se nalazi i podgrana Z8230 gdje se nalazi testirani Šantić iz Prijepolja (ranije iz Mostara) i Redžepagić iz Bijelog Polja.
Z7671 je nastala prije 12.100 godina i ispod nje se nalazi samo testirani Goranac Čoko iz Dragaša na Kosovu.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-PF5116-Y8344
Javila se prije 12.900 godina i zastupljena je na području od zapadne Evrope, preko centralne i južne Evrope, do Turske. Među Bošnjacima je pristuna kod Efendića iz Modriče.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-PF5116-Z6065
Javila se prije 14.700 godina. Ispod nje se nalazi testirani Kapić iz Šipova. Niže od nje su locirane dvije podgrane: Y13341 gdje je testirani Đulović iz Novog Pazara i M47 ispod koje su Mujkanović iz Zenice i Pućurica iz Bijelog Polja. Još niže od M47 je njen ogranak Y3740 gdje je testiran Softić iz Gornjeg Vakufa.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-L24
L24 se javila prije 15.400 godina i ispod nje se nalaze Adžemović i Maković iz BiH i Lizalović iz Travnika. Niže od L24 se nalazi njena podgrana L25.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF4610-L26-L24-L25
L25 je nastala prije 10.100 godina i na ovu mutaciju je testiran Džakić iz BiH; Ispod nje su među Bošnjacima testirane tri podgrupe, Z33976, FTB33145 i L70. Ispod Z33976 je Ćošabić (ar. Bushnak) iz Gornjeg Vakufa. Ispod FTB33145 se nalazi Hot iz Gusinja. U okviru L70 tu testirani Hamzić i Mujačić iz BiH; Ferizović iz Bosanskog Petrovca; Nurkić iz Gradačca; Hasanbašić iz Tuzle; Hadžimusić iz Mostara; Sijarić iz Tutina; Hadrović iz Podgorice. Niže od L70 se nalazi Z435 gdje su Žepčan iz Bosanskog Broda, Delić iz Dervente i Goranac Ejupi iz Dragaša na Kosovu. Još niže od Z435 su dva kraka: PF5456 gdje je Goranac Haliti iz Dragaša na Kosovu i Z2177 gdje su Nurković i Bralić iz Rožaja.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF5008
Javila se prije 19.000 godina. Pronađena je u mezolitskom uzorku iz zapadnog Irana i datirana prije oko 11.000 godina. Ispod nje se nalazi testirani Hadžiahmetović iz Trebinja i Kratovac iz Nove Varoši. Nešto niže od nje je njena grana L581.
Haplogrupa J2-M172-M410-PF5008-L581
L581 je stara 17.200 godina i ispod nje se nalaze testirani Ajanović iz BiH; Azabagić iz Tuzle; Grabovica iz Rogatice.
Haplogrupa J2-M172-M102
M102 (J2b) se javila prije 27.600 godina i istočnomediteranskog je porijekla. Najviše je danas zastupljena na području Levanta, među grčkim Kipranima, Armencima i na cijelom južnoslavenskom prostoru. Na Balkanu je najviše prisutna kod Srba i nešto manje kod Bošnjaka, a javlja se i među Albancima, Bugarima, Grcima, Italijanima, Makedoncima i Turcima. U tragovima se javlja širom zapadnog i južnog euroazijskog kontinentalnog područja.
Pripadaju joj testirani uzorci Salihović iz BiH, Bašić iz Velike Kladuše i Kubur iz Sarajeva. Ispod nje se nalazi grana Z534.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534
Nastala je prije 15.800 godina. Ispod nje je testiran Delibašić iz Kaknja (Hrasno). Z534 se dijeli na dvije velike grane: M205 (J2b1) i Z1825 (J2b2). Ispod Z1825 se nalaze podgrane Z2453 i M241.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534-M205
M205 je nastala prije 15.800 godina u sjevernom dijelu Mezopotamije. Nakon širenja zemljoradnje u periodu neolita, u Bakarnom i Bronzanom dobu došlo je i do ekspanzije pripadnika ove grane izvan matičnog područja prema Kavkazu, Levantu i Anadoliji, a potom i Evropi.
Njoj pripadaju testirani Mudžahasić iz BiH; Ibukić iz Velike Kladuše; Dedić, Delić i Dizdarević iz Bihaća; Plavulj iz Bosanskog Novog; Ogorinac iz Bosanske Dubice; Kodžić i Mehanović iz Prijedora; Hankić i Tetarić iz Banja Luke; Džafić i Ikeljić iz Ključa; Begović iz Teslića; Ajanović iz Donjeg Vakufa; Muslić iz Travnika; Ahmić iz Doboja; Žunić iz Višegrada; Kreho i Pendek iz Foče; Čolakhodžić iz Nevesinja; Mehinagić iz Priboja.
Ispod M205 su za Balkan karakteristične dalje podgrane CTS1969 i YP51, a kod Bošnjaka je prisutna njena dalja podgrana Y22059.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534-M205-Y22059
Javila se prije 4.500 godina a zajednički predak svih testiranih uzoraka je živio prije 1.000 godina. Migracija na Balkansko poluostrvo mogal se je odvijati s područja Levanta preko istočnomediteranskih otoka i duž južne obale Male Azije u periodu od 2.900-2.200 g. p.n.e. u prilog čemu bi išla činjenica da je upravo na području Levanta i Anadolije najveća raznovrsnost ove grane. Danas ova grana ima žarište na području Potarja, Polimlja, Gornjeg Podrinja, Usore i Krajine, što je vjerovatno efekat demografske ekspanzije u ranom Srednjem vijeku, a dovodi se u vezi s plemenom Kriča. Ovo je bilo vlaško pleme, najvjerovatnije predslavenskog ili romanskog porijekla, a prvi puta se u pisanim izvorima pominje u sredinom 13. stoljeća u Limskoj povelji srpskog kralja Stefana Uroša I.
Ovdje spadaju Spahić iz Gračanice; Memić iz Priboja; Aličković, Ćosović, Kajević, Kozica i Zeković iz Prijepolja (Ivezići). Niže od ove grane je podgrana Y155375 gdje se nalazi Porović iz Prijepolja, kao i druga podgrana Y22063 ispod koje je Babić iz Petnjice.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534-Z1825-Z2453
Javila se prije 13.900 godina i ispod nje se nalazi još jedan testirani Delibašić iz Kaknja (Ribnica), odnosno ispod njene podgrane FTB47697. Ova podgrana se javila prije 7.100 godina i zbog nepostojanja uzoraka među ostalim narodima, pretpostavljamo da je ova grana došla na Balkan u novije vrijeme, npr. sa Osmanlijama.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534-Z1825-M241
M241 se javila prije 12.700 godina negdje na sjevernom dijelu Bliskog Istoka između Kavkaza, Mezopotamie i Levanta. Ona je najvjerovatnije tokom neolitskog ili kalkolitskog razdoblja prešla Kavkaz sa prostora današnjeg zapadnog Irana. Na području evroazijskih stepa su ih apsorbovala indoevropska plemena za vrijeme Bronzanog doba. M241 i R1a-Z93 su mogle učestvovati u etnogenezi indoiranskih i kasnije indoarijskih plemena na što ukazuje i prisustvo haplogrupe M241 na području indijskog podkontinenta. Do širenja indoarijskog jezika u južnoj Aziji je najvjerovatnije prvobitno došlo na području Sintašta kulture iz Bronzanog doba na širem području sjeverno od Kaspijskog jezera gdje M241 i danas posjeduje visoku frekvenciju. Na osnovu arheogenetskih istraživanja, prisustvo grane M241 se može na evropskom kontinentu datirati najranije od perioda ranog Bronzanog doba i nalazimo je u nalazištima u Dalmaciji i na Sardiniji. Na post-neolitsko porijeklo M241 na Balkanu ukazuje i potpuno odsustvo ove grane u arheogenetskim istraživanjima u ranijem periodu u kulturama poput Lepenskog vira, Starčevačke i Vinčanske kulture.
U okviru nje su testirani Hasanović iz BiH; Burzić iz Cazina; Ramusović iz Berana; Karišik iz Novog Pazara; Seferović iz Bara. Ramusović je po predanju porijeklom iz plemena Gruda koje se formiralo sjeverno od Skadarskog jezera i prvi puta s pominje u osmanskim izvorima 1485. g.
Haplogrupa J2-M172-M102-Z534-Z1825-M241-L283
L283 je nastala prije 9.700 godina a zajednički predak je živio prije 5.600 godina. Njoj pripadaju testirani Azemović, Bajrić, Hajrić, Memić i Omerhodžić iz BiH; Bošnjak iz Velike Kladuše; Subašić iz Bosanske Krupe; Burazerović iz Prijedora; Sivić iz Teslića; Hamzić iz Bijeljine; Alić iz Sarajeva; Rondić iz Prijepolja; Kačar iz Bijelog Polja; Bektašević i Sinanović iz Novog Pazara; Gutić, Huseinović i Mujović iz Plava; Lekić iz Podgorice; Odžić i Šabović iz Bara. Ispod L283 se javljaju tri veće grane: PH1602, PH1751 i najmnožnija Z1297.
Zajednički predak PH1602 je živio prije 3.200 godina i njoj pripadaju Juhić iz Busovače, Muštović iz Sarajeva i Jasavić iz Plava. Također je prisutna u nekim crnogorskim uzorcima iz plemena Pipera.
PH1751 je imala zajedničkog pretka prije 1.250 godina. Ispod nje se nalaze Šahbegović iz Vlasenice, Spahić iz Bijelog Polja; Goranci Feta i Pelivani iz Dragaša na Kosovu. Ispod PH1751 se nalazi podgrana Z38299 koju nalazimo kod Fulina iz Foče i među sandžačkim prezimenima iz plemena Hota. Hoti se prvi puta pominju 1330. g. u katunu Lješa Hota na granici današnje Albanije i Crne Gore iznad Skadarskog jezera. Ovdje spadaju Mešić iz Sjenice; Hot, Preljević i Vejselović iz Tutina; Goranac Redža iz Dragaša na Kosovu. Još niže, ispod Y290702, nalaze se Memić iz Novog Pazara i Kastrat iz Gusinja. Pored ovog ogranka, pripadnici plemena Hot se u značajnoj mjeri javljaju u sestrinskoj podgrani Y166564 (vidi ispod).
Zajednički predak Z2197 je živio prije 4.200 godina. Ovoj grani pripadaju Čelić (tur. Bilen) iz Tutina i Taljanović iz Podgorice. Ispod Z2197 se javljaju tri veće grane: CTS8786, Y166564 i Z631. Zajednički predak CTS8786 je živio prije 650 godina i prisutna je kod testiranih sandžačkih uzoraka iz plemena Škrijelj. Prvi puta se u pisanim izvorima pominju 1416. g. na području Skadarske Malesije, a na područje Sandžaka su počeli migrirati nakon 1700. g. Ovoj podgrani pripadaju testirani Škrijelj iz Petnjice (tri testirana: Dašča Rijeka, Javorova, Murovac); Ajdinović, Bajraktarević, Bećirović, Demirović, Emrović, Hadžić, Hasanović, Selimović, Šemsović, Škrijelj (dva testirana: Boroštica, Ljeskova) i Tutić iz Tutina. Predak testiranih pripadnika Y166564 živio je prije 1.650 godina i njoj pripadaju testirani pripadnici drugog ogranka plemena Hot u istočnom Sandžaku: Šabanović iz Prijepolja; Sejdović iz Sjenice; Ademović, Alić, Aličković, Bulić, Ramičević i Sokolović iz Tutina; Hot iz Rožaja. Ispod ovog ogranka je dalji krak FT124983 kojem pripadaju Berović i Etemović iz Tutina gdje vjerovatno pripadaju i svi ranije navedeni uzorci. Zadnja podgrana Z631 je imala zajedničkog pretka prije 2.900 godina. Pripadaju joj Kurtić iz BiH i Goranac Trkaljač iz Dragaša na Kosovu. Ispod Z631 se nalazi podgrana Z1043 gdje se nalaze Grošić i Topalović iz Bosanske Krupe. Još niže, ispod Y98609 nalaze se Šušević iz Novog Pazara; Ramdedović i Skenderović iz Petnjice (prvi je po predanju porijeklom iz plemena Gruda).
Shema: Pojednostavljeno filogenetsko stablo haplogrupe J2