Haplogrupa R1a je nastala prije oko 22.800 godina u okviru haplogrupe R među populacijom centralne Azije. Definira je veliki broj mutacija uključujući M420. Tokom daljeg razvoja se je proširila na područje između planine Urala na istoku, Kaspijskog jezera i Crnog mora na jugu i Baltičkog mora na sjeverozapadu gdje se razvijala u okviru populacije istočnih lovaca sakupljača. Arheogentski nalazi ove haplogrupe iz perioda paleolita i mezolita su pronađeni na području današnje Rusije i Ukrajine. Ukrajinski refugijum sugerira na postglacijalno širenje ove haplogrupe tokom Zadnjeg glacijalnog maksimuma i da se njeno kasnije širenje može dovesti u vezu sa ekspanzijom Kurganske kulture prema zapadu i istoku. Ova haplogrupa predstavlja okosnicu današnjeg indoevropskog stanovništva Evrope i dijelova Azije. R1a dominira u državama istočnih i zapadnih Slavena, baltičkih naroda, kao i kod Mađara te Hrvata kajkavskog i čakavskog govornog područja. Zadnji val značajnog doseljavanja ovog stanovništva na Balkan je doba kasne antike, odnosno rani Srednji vijek sa slavenskim migracijama. Doseljavanje vjerovatno nije bio jedan kratkotrajni process masovne migracije nego višestoljetni ciklus manjih i dugotrajnijih migracijskih valova prema novim teritorijama koje su tada u dobroj mjeri bile napuštene od strane domicilnog stanovništva. Ispod glavne mutacije M420 nalaze se Jukić, Kapidžija i Malagić iz Prijepolja. Svi ostali testirani Bošnjaci nalaze se ispod njene grane M459-M198.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198
M198 je stara 14.000 godina i ispod nje su testirani Mulalić iz Velike Kladuše, Ćoralić iz Prijedora, Kurić iz Donjeg Vakufa, Zečić iz Modriče, Alikadić iz Brčkog, Bećirović iz Trebinja, Hadžović iz Plava, Sinani iz Prizrena i Neimenovani Pomak iz Paranestija u Grčkoj.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417
Grana M417 se pojavila prije 8.800 godina, a svi testirani uzorci imaju zajedničkog pretka koji je živio prije 5.400 godina, tj. u vrijeme Bakarnog doba. Ispod ove grane su testirani Čejvan iz Travnika; Karabeg iz Bugojna; Mašin iz Fojnice; Delić iz Zavidovića; Mulabdić iz Tešnja; Avdibegović iz Doboja; Delić iz Modriče; Rašidović iz Brčkog; Đogić iz Gračanice; Kunić iz Lukavca; Husejnović iz Srebrenice; Čišija i Husanović iz Kaknja; Salčić iz Sarajeva; Vranešić iz Goražda; Hasković iz Foče; Neimenovani iz Jablanice; Temim iz Mostara; Duraković iz Trebinja; Pašić iz Gacka; Sadović iz Pljevalja; Omeralović i Ramadanović iz Bara; te Torbeš Piperovski (tur. Biber) iz Pehčeva u Sjevernoj Makedoniji. Već tokom eneolita dolazi do diobe M417 na dvije veće podgrane, Z282 i Z93.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282
Z282 se pojavila prije 5.000 godina i značajno je uticala na genetski sklop balto-slavenskih naroda, s određenim uplivom u germanske narode na području centralne i sjeverne Evrope. Svoj rani procvat je doživjela tokom kulture Jamna sjeverno od Crnog i Kaspijskog mora (3.300-2.600 g. p.n.e.) i kulture Vrpčaste keramike na sjeveroistoku Evrope (3.000-2.350 g. p.n.e.). Ova grana je prisutna među Bošnjacima preko podgrana M458 i Z280, od kojih je Z280 mnogobrojnija. M458 je inače zastupljenija kod zapadnih a Z280 kod istočnih Slavena. Dalje podgrane Z280 su svoju prvobitnu ekspanziju doživjele najvjerovatnije u okviru istočnoevropskih kultura poput Milogradske (do. 1. stoljeća n.e.), Černahivske (100-400 g. n.e.), Penkovske (400-600. g. n.e.) i Praško-Korčakovske (400-600. g. n.e.). Na vrhu filogenetskog stabla ispod Z282 nalazi se testirani Omerčević iz Modriče u Posavini.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-M458
Grana M458 se je razvijala nešto zapadnije od Z280 i bila je najzastupljenija u tzv. Pomeranijskoj kulturi koja se razvijala u Željeznom dobu na području današnje Poljske, dok jedan nalaz datira i sa prostora južne Njemačke. Ovdje je nekada živio narod Venedi koji se je vremenom preselio na područje Zarubinjecke kulture i zajedno je sa granom Z280 pokrenuo proces etnogeneze Slavena. Njena distribucija je danas najveća među narodima zapadnoslavenske jezičke grupe između rijeka Odre i Visle, tj. u Poljskoj, Češkoj i Slovačkoj. Glavnu mutaciju M458 među Bošnjacima nose testirani Alić iz Doboja, Latić iz Čapljine, Kacila iz Bara, te Pomaci Kutlu iz nepoznatog mjesta i Neimenovani uzorak iz Loveča u Bugarskoj. Među bošnjačkim pripadnicima ove grane nalazimo tri veće podgrane: L1029, Y23108 i L260.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-M458-L1029
Grana L1029 je nastala prije 3.100 godina i zastupljena je kod svih slavenskih naroda. Njoj pripadaju pripadaju testirani Zagić iz Bihaća, Omerović iz Bratunca (Kamenica-Pobuđe), Lončarević i Šehović iz Prijepolja, te Goranci Ibrahimović i Šola iz Dragaša. Kod Bošnjaka je najčešća njena podgrana YP417, nastala prije 2.100 godina kojoj pripadaju Hadžić iz BiH; Kekić i Pehlić iz Velike Kladuše; Omerčević iz Cazina; Zenković iz Prijedora; Sarajlić iz Sanskog Mosta; Nasić iz Prijedora; Glavaš i Nadarević iz Banja Luke; Deverdžić iz Prnjavora; Čolić iz Teslića; Halaba iz Jajca; Hadžiabulić iz Gornjeg Vakufa; Devedžić iz Doboja; Mahmutefendić iz Tešnja; Subašić iz Gračanice; Ibrić iz Tuzle; Hasanović iz Ugljevika; Hamzić iz Zvornika; Hadžijahić, Kalajdžić, Krkbešević i Latić iz Sarajeva; Katica iz Rogatice; Ferhadbegović iz Goražda; Mušanović iz Foče; Riđanović iz Mostara; Lerić iz Nevesinja; Martinović, Muhović i Pošković iz Gacka; Duraković iz Trebinja; Šačić iz Sjenice; Bibuljica iz Bijelog Polja; Halilović, Korać i Palamar iz Petnjice; Ramović iz Tuza. Ispod YP417 se nalaze krakovi YP1013 ispod koje je testiran Pomak Kahya iz Kavale u Grčkoj kao i YP728 ispod koje se nalazi Mujagić iz BiH kao i testirani Đuzelić iz Cazina i Baličevac iz Prijepolja (podgrana YP728-YP6047).
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-M458-Y23108
Grana Y23108 je nastala prije 2.000 godina, malobrojna je među Bošnjacima, a pripadaju joj uzorci Bešlagić iz Cazina, Aga iz Prijedora i Sijarić iz Bijelog Polja.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-M458-L260
Grana L260 je nastala prije 5.000 godina, a zadnji zajednički predak svim testiranim uzorcima je živio prije 2.600 godina. Ovu mutaciju nosi Kuburić iz Modriče. Mutaciju Y2905 ispod nje nose i testirani Halilović iz Tuzle, Šehić iz Hadžića i Jaganjac iz Bileće. Ispod nje se nalazi dalja podgrana BY25698 koju nose Efendić iz Goražda i Goranac Braimi iz Dragaša na Kosovu.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280
Grana Z280 je jedna od ključnh haplogrupa koja je učestvovala u etnogenezi balto-slavenskih naroda i nastala je prije 5.000 godina. Pronađena je u arheogenetskim istraživanjima u baltičkim državama, Poljskoj, Njemačkoj, sjeverno od Crnog mora, u južnom Uralu, kao i u skitskim nalazištima u Panonskoj niziji. Ovi nalazi potiču iz vremena kasnog neolita (kultura Linearne keramike), Bronzanog i Željeznog doba. Balti i Slaveni su činili jedan kulturno-jezički kontinuum, da bi se raskol između njih desio u periodu od 1.500 do 500. g. p.n.e. što odgovara razvitku Lužičke kulture. Pripadnici Z280 su nešto kasnije postali nosioci Zarubinjecke kulture koja se razvila u pradomovini Slavena, sjeverozapadu današnje Ukrajine i jugu Bjelorusije. Danas je zastupljena u svim zemljama slavenskog govornog područja. Ispod ove grane je testiran Ferajzić iz Prijepolja. Dijeli se na dvije veće grupe, CTS1211 i Z92.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280-CTS1211
Grani CTS1211 je nastala prije 4.600 godina i pripada joj daleko najveći broj testiranih bošnjačkih uzoraka u okviru R1a haplogrupe. Ovu mutaciju nose testirani Kurtović iz Bosanske Krupe; Bešlagić i Pašagić iz Prijedora; Pašalić iz Banja Luke; Delibašić iz Zenice; Hadžić iz Tešnja; Salkić i Šuvalić iz Doboja; Bašić iz Travnika; Čerkez iz Glamoča; Omerbašić iz Odžaka; Zukić iz Visokog; Štukan iz Mostara; Bajgorić iz Stoca; Ćerimagić iz Trebinja. Ispod nje se račvaju tri podgrane: CTS3402, YP4278 i YP343.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280-CTS1211-CTS3402
CTS3402 se pojavila prije 4.300 godina i ovu mutaciju nose Džebić, Kantarević, Mujagić i Selimanović iz Velike Kladuše; Mahmutović iz Cazina; Ćatić, Jašić, Kapić i Škrgić iz Cazina; Papić iz Bosanskog Novog; Bašić i Sipić iz Bosanske Gradiške; Kekić iz Bosanske Dubice; Beširević i Delkić iz Prijedora; Husić, Ibrahimović, Kamerić i Mešanović iz Ključa; Pucar iz Šipova; Mešan iz Kupresa; Bajramović iz Zenice; Dreco iz Jajca; Ibreljić iz Kiseljaka; Šemić i Talić iz Kaknja; Fetić iz Doboja; Turić iz Zavidovića; Mešanović iz Banovića, Čeliković, Halilović i Sinanović iz Srebrenika; Salihović iz Bosanskog Broda; Hećimović iz Gradačca; Musić i Suljić iz Brčkog; Jahić i Mujkanović iz Tuzle; Bekrić i Gruhonjić iz Bijeljine; Beganović iz Zvornika; Musić iz Vlasenice; Kafedžić, Mišut i Smajović iz Sarajeva; Heto, Krndžija i Odžak iz Goražda; Curić iz Rogatice; Hodžić iz Foče; Smajlović iz Čajniča; Marić iz Konjica; Jelovac iz Mostara; Sidran iz Nevesinja; Behram i Bešo iz Stoca; Bajramović iz Bileće; Salčin iz Gacka; Hançer iz Sandžaka (u Turskoj); Eminović i Rujević iz Sjenice; Džeković (tur. Peksevim) iz Tutina; Kerović iz Podgorice; Pomak Hamidof is Smoljana u Bugarskoj. Nadalje, unutar CTS3402 se javlja nekoliko podgrana i to Y2608, Y2902, Y3301 i YP237.
Podgrana Y2608 je nastala prije 2.300 godina, a pripadaju joj bošnjačka prezimena u Sandžaku Pojatić iz Pljevalja, Melunović iz Prijepolja (2x) i Bektešević iz Gusinja. Ispod dalje podgrane FT242663 nalazi se Kuč iz Tutina.
Y2902 je nastala prije 4.300 godina i ima dvije dalje podgrane, Y3219 i A22775. Ispod Y3219 je Murtić iz Cazina, a ispod njenih daljih krakova su Osojkić iz Brčkog (PH3782) i Čamdžić iz Višegrada (Y18555). Ispod A22775 se nalazi Čelik iz Foče.
Y3301 obuhvata nekoliko uzoraka ispod dvije dalje podgrane, L1280 i S18681. Ispod L1280 se nalaze Hadžić iz Sarajeva i Kurtanović iz Sjenice (Vrhsjenice), a ona se potom dijeli na FT149101, YP6343 i YP3987. Ispod FT149101, tj. njenog kraka FTA79943 nalazi se Pomak Günes iz Haskova u Bugarskoj. Ispod kraka YP6343 su Kandžić i Merdanović iz Sanskog Mosta, a još dalje ispod Y105217 se nalaze Demirović iz Bihaća i Drakovac iz Rogatice. Ispod drugog kraka YP3987 su Salihović iz Srebrenice te Seknić i Agović (alb. Agovi) iz Podgorice (ovi posljednji su iseljeni za Skadar). Jedini testirani ispod podgrane S18681 je Ovčina iz Bileće.
YP237 je također nastala prije 4.300 godina i račva se u tri podgrane: YP5997 kojoj pripadaju Omerović iz Kalesije i Gobeljić iz Vlasenice; YP951 ispod koje se nalaze Hodžić iz Srebrenika i Kalabušić iz Gacka, a još niže i Sijamija iz Donjeg Vakufa (Y208600); i YP295 kojoj pripadaju testirani Mačak iz Jajca (L366) i Bureković iz Srednje Bosne (YP335).
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280-CTS1211-YP4278
Jedini testirani bošnjački uzorak testiran kao YP4278 je Vilić iz Kalinovika.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280-CTS1211-YP343
YP343 je nastala prije 4.400 godina i njoj pripada svega nekoliko testiranih uzoraka. Direktno ispod ove grane je Malagić iz Prijepolja. Ispod njene podgrane YP371 su Mujić iz Sanskog Mosta; Bajrić iz Visokog; Neimenovani uzorak i Rožajac iz Sjenice. Niže ispod njih se nalaze testirani rođaci iz južnog Sandžaka, Brčvak (tur. Akova) i Ramović iz Bijelog Polja (BY128997).Također ispod YP371, ali ispod YP372 ogranka, nalazi se testirani Omanović iz Ključa (najniži krak FT161833).
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z282-Z280-Z92
Grana Z92 je stara 4.600 godina i najviše se sreće kod stanovništva baltičkih država gdje postoje i arheogenetski nalazi iz vremena od Željeznog doba do Srednjeg vijeka. Kod Bošnjaka je nalazimo kod Sabljakovića i Durmića iz Cazina; Hasića iz BIhaća. Ispod nje se kod Bošnjaka javljaju dvije podgrane, YP617 i YP270. Njenu podgranu YP617 predstavlj Kos iz Bijelog Polja u Sandžaku, a još niže od nje ispod kraka Y11268 su Goranci Ahmeti i Garipi iz Dragaša. Najveći broj testiranih Bošnjaka se nalazi ispod podgrane YP270 gdje su Kajtezović i Muzafirović iz Velike Kladuše; Kajtazović iz Cazina; Žilić iz Bosanske Gradiške; Bašić i Đidelija iz Gacka. Njihov genetski rođak, Ćorović iz Bijelog Polja je testiran i na daljnju mutaciju BY116359.
Haplogrupa R1a-M420-M459-M198-M417-Z93
Z93 je glavna azijska grana R1a i javlja se u centralnoj, južnoj i jugozapadnoj Aziji, mahom kod indo-iranskih i turkijskih naroda. Stara je 5.000 godina, a zajednički predak je živio prije 4.600 godina. Nosioci grane Z93 kod Bošnjaka su malobrojni i geografski su razbacani od Krajine do Sandžaka i uključuju prezimena Đuzić iz Ključa, Alibašić iz Doboja, Bećar sa Sokoca i Ćevapović iz Bijelog Polja. Nešto niže ispod podgrane F1417 nalazi se Homoraš iz Goražda.
Shema: Pojednostavljeno filogenetsko stablo haplogrupe R1a