Haplogrupa R1b je također indoevropskog porijekla i nastala je prije 22.400 godina, tj. tokom paleolita na području krajnjeg istoka Evrope u okviru populacije istočnih lovaca sakupljača. Vodi porijeklo od najranijeg stanovništva sjevernih dijelova evroazijskog kopna. Filogenetski je najbliže povezana sa haplogrupom R1a. Danas je najrasprostranjenija u zapadnoj Evropi od Pirinejskog poluostrva, Francuske, Britanskih ostrva, zemalja Beneluksa, zapadne Njemačke i sjevernih dijelova Italije. Također je znatno prisutna i u Anadoliji i na Kavkazu, u dijelovima Rusije, kao i centralne i južne Azije. Razvila se je tokom Zadnjeg Ledenog doba među stanovništvom koje je lovilo mamute na evroazijskim stepama, a vremenom se proširilo na ogromno područje od Atlantskog okeana do južne Azije. S početkom neolita, preci R1b su učestvovali među prvima u pripitomljavanju govečeta južno od Kaspijskog jezera.
Haplogrupa R1b
Među testiranim Bošnjacima, haplogrup R1b pripadaju, bez poznatih nižih mutacija, Babajić iz Gračanice, Ramić iz Srebrenice i Tucaković iz Neuma.
Haplogrupa R1b-L754
Svi testirani Bošnjaci dalje pripadaju podgrupi L754 ispod koje nalazimo testiranog Blagajčevića iz Bosanskog Novog. Ispod L754, svi Bošnjaci pripadaju podgrani L389. Unutar L389, daleko najveći broj testiranih Bošnjaka pripada daljoj podgrupi M269, a svega jedan uzorak grani V1636 (Y106006).
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269
Grana M269 je nastala tokom eneolita na području sjeverno od Kavkaza i Crnog mora između rijeka Volge na istoku i Dnjepra na zapadu. Kulture u kojima su se razvijala M269 predstavljaju najranije kulture govornika indoevropskih jezika (samarska, hvalinska, repinska, Jamna). Među Bošnjacima je zastupljena s nekih 9-10% i dosta je raznovrsna. Direktno ispod M269 se nalaze uzorci Begić i Ahmetović iz BiH; Hamzić iz Kladnja; Orman iz Livna; Šarić iz Stoca; Hasanagić iz Čapljine; Zlatanić iz Pljevalja; Mušović, Pačariz i Taso iz Prijepolja (Taso je ranije iz Čapljine); Ramović iz Crne Gore; Šarkić iz Podgorice; te Pomaci Kastamanov iz Satovče, Kehayov iz Smoljana i još jedan Neimenovani Pomak iz Bugarske. Ona se dalje dijeli na dvije grane, L23 i PF5762.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23
Grani L23 pripadaju Alikadić i Smailbašić iz BiH; Rizvić iz Velike Kladuše; Pašalić iz Zenice; Ramić iz Ilijaša; Mekić iz Ljubuškog; Medar iz Stoca; Redžić iz Bijelog Polja; Lačević iz Podgorice; Hadžicanović iz Bara. Ispod L23 nalazimo kako pripadnike zapadnoevropskih grana (tj. proto-italo-keltsko-germanska L51-L151), tako i potomke istočnih grana poput Z2103. Potomci hapogrupe R1b su prodorom na zapad jako uticali na Kulturu zvonolikih vrčeva (Bell Beaker) i Unjetičku kulturu (Unetice) u centralnoj i zapadnoj Evropi u periodu od 2300. do 1600. g. p.n.e.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L51
L51 je zapadnoevropska grana koja je prisutna među italsko-keltskim i germanskim narodima. U okviru nje su testirani Ćatić, Hajdarović, Muranović i Mušanović iz Prijepolja.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151
U okviru zapadnoevropske grane L151 nalazimo podgrane P312 i U106. P312 se dalje kod Bošnjaka dijeli na četiri grane, DF19, DF27, L21 i U152.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151-P312-DF19
DF19 je protogermanska grana koja se javila prije nekih 3.400 godina na sjeveru današnje Njemačke ili južne Skandinavije, a proširila na šire područje Njemačke i zemalja Beneluksa. Do vremena velikih migracija (4-6. stoljeće n.e.) bila je prisutna u svim većim germanskim plemenima u ovom području. Nju su prema Britanskim ostrvima dalje nosila anglosaksonska i vikinška plemena, kao i Normani koji su u 11. stoljeću okupirali Englesku. Njoj pripada testirani Solak iz Sarajeva ispod njene podgrane L719.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151-P312-DF27
DF27 je jedna od protokeltskih grana koja se proširila na južnu Francusku i Iberijsko poluostrvo tokom kasnog Bronzanog doba (1800-1300. g. p.n.e.), nakon čega se je atlantskim pomorskim putevima djelimično širila prema Britanskim ostrvima. Njoj pripadaju Šarić iz Bosanske Krupe (dalja grana FTT1) i Tatarević iz Novog Pazara.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151-P312-L21
L21 je atlantsko-keltska grana koja se prije nekih 4.500 godine na prostoru današnje Njemačke odvojila od glavne proto-keltske grane i dalje proširila prema atlantskoj obali, da bi već prije 4.000 godina dospjela u Irsku. Neki ogranci su nakon toga prešli u Skandinaviju (Norveška), a s Vikinzima se proširila na Škotsku i Island. Ovaj grani pripada testirani Purić iz Velike Kladuše.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151-P312-U152
U152, italo-keltska grana, bila je okosnica nekoliko kultura koje su udarile temelje razvoju keltskih naroda na području Alpa, tj. Kultura polja urni (Urnfeld), Halštat (Halstatt) i La Tene. U152 je u Italiju ušla prije nekih 3.700 godina gdje se razvijala preko kultura Terramare i Villanova, a nju je naslijedila etrurska civilizacija. Ispod U152 su testirani Sahadžić iz Bihaća; Hamza iz Glamoča; Gušter iz Vlasenice; Junuzagić i Ibišević iz Srebrenice; Muslim iz Foče; Mekušić iz Prijepolja; Hadžić iz Nove Varoši; Torbeši Maksutoski iz Struge i Ahmedovski iz Dolnena u Sjevernoj Makedoniji. Ispod U152 se nalaze dvije podgrupe, L2, Y131428 i Z193. Ispod podgrupe L2 su testirani Spahić iz Mostara (S14469), Omanović iz Ključa (S1491), Selimotić i Škaljić iz Gacka (S7402). Ispod grane Y131428 je testiran Ćurt iz Bosanske Kostajnice. Ispod grane Z193 se nalazi Sokolović iz Konjica.
Haplogrupa R1b-L754-L389-M269-L23-L151-U106
U106, proto-germanska grana koja se tokom perioda Unjetičke kulture proširila prema sjeverozapadu Njemačke i zemljama Beneluksa, a nešto kasnije, prije 3.700 godina prešla u Skandinaviju s početkom nordijskog Bronzanog doba. Ova podgrupa je bila dominantna među zapadnogermanskim plemenima. Njeno prisustvo u ostalim dijelovima Evrope i u Bosni je vjerovatno rezultat migracija Germana između 3. i 10. stoljeća. Langobardi su je nosili prema Austriji, Italiji i Balkanu, a Goti prema istočnoj Evropi. Direktno ispod ove grane se nalaze testirani uzorci Redžić iz Banja Luke, Nuspahić iz Prozora, Banjić iz Kaknja i Mujezin iz istočne Bosne. Ova grupa ima dvije veće grane Z372, L48 i Z156. Grani Z372 pripadaju Ljubović iz Nevesinja (podgrana Z375), Islamagić iz Priboja, te Pomak Tyufekchiev iz Satovče u Bugarskoj (podgrana ZP159). Grani L48 pripadaju Ćutuk sa Pala, Čaušević iz Pljevalja i Nurović (tur. Nuriler) iz Novog Pazara, a njenoj podgrani Z326 Duraković i još jedan Neimenovani uzorak iz BiH; Demo iz Bosanske Gradiške; Vugdalić iz Dervente; Džaka iz Brčkog; Fržina iz Srebrenice; Čapra iz Foče; Pekušić iz Mostara; Brkić iz Nevesinja. Ispod treće podgrane Z156 testiran je Ketanović iz Ugljevika (FGC13316).
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103
U okviru grane L23, Z2103 je svakako bila jedna od osnovnih ogranaka prisutnih u okviru proto-indoevropske Jamna kulture na području istočne Evrope i evroazijskih stepa. Arheogenetski nalazi su potvrdili prisustvo grane Z2103 u mnogim ranim indoevropskim arheološkim kulturama poput Poltavske u današnjoj Rusiji, Afanasijevske i Okunevske u južnom Sibiru i Čemurčeške u današnjoj zapadnoj Mongoliji. Drevni uzorak iz Željeznog doba iz zapadnog Irana također ukazuje na mogućnost da je ova grupa doprinijela širenju indoiranskih jezika sa područja Andronovske kulture sjeverno od Kavkaza. Nekoliko drevnih naroda se vezuje za haplogrupu Z2103 na području Anadolije uključujući Hetite, Frigijce i Proto-Armence. Hetiti su indoevropski narod koji je u 2. mileniju p.n.e. uspješno vodio borbe protiv Egipćana u Levantu i Mesopotamiji. Za druga dva drevna naroda se pretpostavlja da su u Anadoliju i južni Kavkaz došli sa istočnog Mediterana. Prisustvo Z2103 na Balkanu je rezultat kasnijih migracija starobalkanskih naroda poput proto-Tračana, proto-Ilira i proto-Grka za vrijeme kasnog Bronzanog i ranog Željeznog doba. Ispod Z2103 je testiran Lađarević iz Bosanske Dubice. Z2103 se dijeli na dvije veće grane, većinsku anadolsku M12149 i vrlo rijetku indo-iransku grupu L277.1. U okviru M12149 nalazimo većinsku balkansko-anadolsku Z2108 i manjinsku kavkasko-iransku podgrupu L584.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108
Grana Z2108 je nastala u okviru eneolitskog kulturnog kompleksa Jamna na području današnje južne Rusije. Nosioci ove haplogrupe migrirali su početkom Bronzanog doba i na istok i na zapad. Ova haplogrupa početkom 3. milenija p.n.e. dopire do Podunavlja i Balkana, a prve arheogenetske nalaze predačke haplogrupe Z2103 nazlazimo u okviru Vučedolske i Moriške kulture, kao i nalazištima Kulture zvonastih pehara (Bell Beaker) na području Mađarske i Poljske. U Željeznom i antičkom dobu, predačka haplogrupa Z2103 je nađena i na području Moldavije kao rezultat doseljavanja Skita. Haplogrupi Z2108 pripadju testirani Rahmić iz BiH i Kurspahić iz Višegrada.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450
Ispod Z2108, jedan dio Bošnjaka pripada podgrani CTS1450, također poznatoj i kao CTS9219. Njoj pripadaju testirani uzorci Bećarević, Hodžić, Jusić, Šabanović i Šehović iz BiH; Tahirović iz Bosanske Krupe; Kulović iz Zenice; Begović iz Dervente; Avdić iz Živinica; Pehlivanović iz Sarajeva; Makota iz Čajniča; Kljako iz Nevesinja; Čustović (3x) i Brković iz Gacka; Čustović iz Trebinja; Isović, Kašić i Suljević iz Bijelog Polja; Papić i Sejdović iz Novog Pazara; Hodović i Murić iz Tutina; Kurtagić iz Rožaja; Kandić i Jasavić iz Plava; Deljanin i Šujak iz Gusinja; Đečević i Gilić iz Podgorice; Perezić i Džaferović iz Bara; Elezovski i Kadriovski iz Debra. Ispod CTS1450, najveći broj Bošnjaka pripada podgrani Y18959, a svega nekoliko uzoraka grani BY251.Unutar Y18959 nalazimo tri veća ogranka, Y5587, Y189372 i najbrojniji Z2705.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-BY251
Ispod podgrane BY251 nanalaze se blisko povezane Pomake Hadžiimamova i Učkuneva iz Satovče u Bugarskoj (obojica FTA9997 s zajedničkim pretkom koji je živio prije 425 godina).
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Y18959
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Y18959-Y5587
Ispod grane Y18959 nalazimo nekoliko rodova: Šarića i Hećimovića iz BiH, Babića iz Sarajeva, Lalića iz Plava u Sandžaku (svi ispod Y5587) i nešto ispod njih i Pomaka Uzunova iz Smoljana u Bugarskoj (Y63930).
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Y189372
Također ispod Y18959, ali ispod podgrane FT61900-Y189372 nalazi se Pačariz iz Bijelog Polja.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Z2705
Ovoj grani mahom pripadaju rodovi iz istočnog dijela Sandžaka, Gore i nekoliko Pomaka. Ovdje se nalaze testirani Banjica, Tandir i Hašimbegović iz Prijepolja; Kujović i Kanalić iz Bijelog Polja; Rušović i Kadrić iz Novog Pazara; Kajević iz Rožaja; Ibrahimagić iz Gusinja. Ispod Z2705 se nalaze tri veće podgrane, FT48939, BY218801 i Y32147.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Z2705-FT48939
Ovoj grani pripadaju Marovac iz Novog Pazara (krak FT49714), Gusinac iz Tutina i Lukač iz Rožaja s zajedničkim pretkom koji je živio prije 650 godina.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Z2705-BY218801
Svi testirani uzorci iz ove podgrane pripadaju njenom daljem ogranku FT140430 s zajedničkim pretkom koji je živio prije 850 godina. Rodovi ovog genetskog porijekla imaju predaju da su iz plemena Kuča, Zatrijepčana, Klimenti, Šalja, Rovčana i slično. Ovdje se nalaze Redžović i Bronja iz Sjenice; Muhović i Ćeman iz Petnjice; Redžović, Ibrahimović i Biševac iz Novog Pazara; Zukorlić, Šerifović, Muratović i Košuta iz Tutina; Muković, Bibić i Čolović iz Rožaja; Canović i Musić iz Plava.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-Z2108-CTS1450-Z2705-Y32147
Svi testirani uzorci u okviru ove grane dijele zajedničkog pretka koji je živio prije 1400 godina. Direktno ispod Y32147 se nalaze testirani Ibrahimagić iz Zenice (daljim porijeklom iz Sandžaka) i Plojović iz Novog Pazara. Unutar ove grane nalazimo tri podgrane: FT166340, Y126039 i Y133365. Ispod FT166340 je Goranac Alidini iz Dragaša, ispod njenog ogranka Y37280 je Zilkić iz Tutina. Ispod Y126039 se nalaze dvije podgrane: manja Y54809 gdje je Pomak Sertkehayov iz Smoljana u Bugarskoj i mnogobrojnija Y82919 kojoj pripadaju rodovi s predajom o porijeklu iz Kuča, sjeverne Albanije, Bratonožića, Nikšića, Kolašina, itd. Unutar nje nalazimo Gašanina iz Sjenice; Rastodere (3x), Kršiće, Kožare (2x), Muratoviće (2), Durakoviće, Ličine (2x), Hajdarpašiće i Klice iz Petnjice; Pramenkoviće iz Tutina. Ispod njenog kraka BY53973 su testirani Agović i Hodžić iz Petnjice. Direktno ispod podgrane Y133365 se nalazi Redžepagić iz Plava. Dalje ispod kraka Y63957 su testirani Murići iz Rožaja (4x) kao i rodovi Zijadić iz Sjenice, Nuhambašić iz Novog Pazara, Džudžević i Ćosović iz Tutina. Ispod drugog kraka Y133384 se nalazi Pomak Hadzhiyski iz Ardana u Bugarskoj.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-M12149-L584
L584 je prisutna u Iranu, sjeveru Iraka, južnom Kavkazu i Turskoj i više je vezana za iransku granu Indoevropljana uključujući Perzijance, Kurde i Skite. Njoj pripadaju testirani Hadžifejzović iz Prijepolja.
Haplogrupa R1b-L389-M269-L23-Z2103-L277.1
Grana L277.1 je prisutna na području od Rusije do centralne Azije i od Bliskog Istoka do Indije. Pripada joj nekoliko bošnjačkih rodova, tj. Bliznovići, Čelikovići, Fetići i Subašići iz Tršća kod Kaknja.
Haplogrupa R1b-L389-M269-PF7562
Grana PF5762 je jedna od davno izdvojenih ogranaka M269. Daljim porijeklom je vezana za stepske kulture istočne Evrope, a njeni potomci su danas mahom rasprostranjeni na području Balkana i Anadolije, a susreće se i na području Bliskog Istoka i Mediterana. Pojedine podgrane PF7562 su vrlo raznovrsne kod današnjeg albanskog stanovništva, a filogenetska izoliranost ove grane dobro odgovara lingvističkoj izolaciji albanskog jezika u odnosu na druge indoevropske jezike. Pripadnici ove grane su također mogli govoriti izumrlim jezicima indoevropske lingvističke porodice. Njoj pripadaju uzorci Atlić, Dervišagić, Latifović i Omanović iz BiH; Jukić iz Bihaća; Softić iz Bosanske Gradiške; Đokić iz Prnjavora; Topalović iz Bosanskog Šamca; Ibrahimagić iz Lukavca; Korajkić iz Bijeljine; Duraković iz Srebrenice; Tucaković iz Mostara; Ramović iz Bara. Ispod ove grane svi testirani Bošnjaci pripadaju podgrani PF7563 ispod koje je testiran Hujdurović iz Bijeline. Ispod PF7563, među Bošnjacima se javljaju dvije podgrane, BY85857 kod Ejubovića iz Zvornika i Kurtalića iz Višegrada, a ispod Y32042 kod Pomaka Hojeva iz Satovče u Bugarskoj.
Haplogrupa R1b-L389-V1636-Y106006
Jedini uzorak koji ne pripada grani M269 grani je Chatalbash iz Garmena u Bugarskoj koji je testiran ispod V1636- Y86197. Relativno je blizak jednom testiranom Armencu.
Shema: Pojednostavljeno filogenetsko stablo haplogrupe R1b